Bahagian Fatwa pada peringkat awal kewujudannya merupakan salah satu bahagian dalam Jabatan Agama Islam Selangor (JAIS) yang diketuai oleh Mufti yang pertama iaitu Sheikhul Islam Tengku Mahmud Zuhdi bin Tengku Abdul Rahman yang berkhidmat pada tahun 1935 hingga tahun 1952. Sebelum tahun 1985, hanya terdapat dua orang kakitangan sahaja yang berkhidmat di Bahagian Fatwa iaitu Mufti dan seorang pemandu. Segala urusan pentadbiran dan kewangan adalah di bawah pengurusan Jabatan Agama Islam Selangor.

Pada tahun 1996, Jabatan Perkhidmatan Awam (JPA) telah mengeluarkan Pekeliling mengenai pengasingan Bahagian Fatwa daripada Jabatan Agama Islam negeri-negeri di Malaysia. Menerusi pengasingan ini, berlaku perkembangan struktur organisasi dan fungsi sehingga Bahagian Fatwa bertukar menjadi Pejabat Mufti dan akhirnya berkembang menjadi sebuah Jabatan.

Pada November 1996, jawatan Pegawai Hal Ehwal Islam mula diisi, diikuti Pembantu Tadbir (Kesetiausahaan) pada 2 Mei 1997 serta dibantu oleh beberapa orang kakitangan kontrak. Kemudian bertambah pada akhir 1997 dengan pengisian jawatan Pembantu Tadbir (Perkeranian/Operasi), Pembantu Tadbir Rendah, Penolong Pegawai Tadbir, Pembantu Am Rendah, Penolong Pegawai Hal Ehwal Islam dan Pembantu Hal Ehwal Islam. Selaras dengan perkembangan pentadbiran di Jabatan Mufti Negeri Selangor, bilangan kakitangan di Bahagian Fatwa ini turut mengalami pertambahan dan sehinga hari ini kakitangan di Bahagian Fatwa adalah seramai 17 orang daripada keseluruhan pegawai yang berjumlah 55 orang.