Bahagian Falak pada awalnya merupakan satu unit kecil di Bahagian Dakwah, Jabatan Agama Islam Selangor (JAIS). Peranan utama yang dilaksanakan ketika itu ialah mencerap anak bulan pada awal Ramadhan, Syawwal dan Zulhijjah dengan kerjasama Jabatan Ukur dan Pemetaan, disamping menjalankan tanggungjawab lain seperti penentuan arah kiblat dan penetapan waktu solat.

Walaubagaimanapun, Jabatan Kemajuan Islam Malaysia (JAKIM) dalam mesyuaratnya pada 20 September 1999 telah membuat keputusan dan mencadangkan penubuhan Bahagian Falak diletakkan dibawah tanggungjawab Jabatan Mufti negeri seluruh Malaysia termasuk negeri Selangor untuk menyelaraskan pentadbirannya.

Sehubungan itu, Majlis Mesyuarat Kerajaan Negeri Selangor telah bersetuju mewujudkan Bahagian Falak di Jabatan Mufti Negeri Selangor bagi mengambil alih tugas dan peranan Unit Falak daripada Jabatan Agama Islam Selangor (JAIS) secara keseluruhannya. Dengan wujudnya Bahagian Falak, inisiatif yang telah dijalankan ialah dengan melantik pegawai-pegawai yang bertanggungjawab mengendalikan bahagian tersebut.

Justeru itu, pada 1 Januari 2001, Kerajaan Negeri Selangor telah melantik tiga orang pegawai yang berkhidmat di Bahagian Falak iaitu Pegawai Hal Ehwal Islam, Penolong Pegawai Hal Ehwal Islam dan Pembantu Hal Ehwal Islam. Selaras dengan perkembangan pentadbiran di Jabatan Mufti Negeri Selangor, bilangan kakitangan di bahagian ini turut mengalami pertambahan. Pembinaan Balai Cerap Selangor pada tahun 2010 turut menambah bilangan kakitangan yang sehinga hari ini kakitangan di Bahagian Falak, Jabatan Mufti Negeri Selangor adalah seramai 13 orang.